Der Blitzableiter sollte nicht zu nah am Windrad sein. Die meisten Meinungen, die ich zu diesem Thema kenne, gehen sogar davon aus, dass man einen separaten Mast bauen sollte. Um wirksam zu schützen muss die Spitze des Blitzableiters auch deutlich höher angebracht sein, als das Windrad selbst.
Auf jeden Fall ist ein ordentlicher Leisterquerschnitt und eine vernünftige Erdung Pflicht.
Es gibt auch jemanden, der sich einen Faraday'schen Käfig als Blitzschutz gebaut hat. Ich bin aber skeptisch, dass das (in dieser Ausführung) gut funktioniert:
http://www.mindchallenger.com/wind/wgpage17.html